A antiga necrópole da Trafaria, situada a oeste do Presídio e na proximidade da atual Igreja de Nossa Senhora da Saúde, reflete a gestão do espaço funerário entre as épocas medieval e moderna. O cemitério, originalmente delimitado por um recinto murado e sagrado, registou uma ocupação tão intensa que os enterramentos mais recentes cortaram e danificaram os contextos anteriores. O local foi definitivamente abandonado antes da promulgação da Lei dos Cemitérios de 1835, um marco legislativo de inspiração iluminista focado na saúde pública. 

No âmbito das escavações de salvaguarda, identificaram-se 21 estruturas funerárias, tendo sido intervencionadas as três integradas na área de afetação das obras. A análise osteológica determinou que os túmulos 1 e 2 correspondiam a sujeitos adultos do sexo masculino, com idades à morte estimadas entre os 40 e os 45 anos. Por sua vez, a sepultura 20 continha um jovem (18 a 22 anos) de género indeterminado.

Na matriz sedimentar envolvente, exumaram-se múltiplos ossos dispersos resultantes de perturbações antigas, cujo perfil paleodemográfico confirmou o predomínio de homens, associado a uma presença minoritária de subadultos (crianças e jovens). O padrão de deposição dos cadáveres revelou-se homogéneo: deitados em decúbito dorsal com as pernas em extensão, variando apenas a flexão dos braços sobre a região torácica, abdominal ou pélvica.

 Os sepultamentos apresentavam um eixo Norte-Sul ou Sul-Norte, divergindo do cânone litúrgico tradicional (Este-Oeste). Este desvio evidencia o pragmatismo e a urgência no ato, decorrentes de pressões logísticas na Idade Moderna, num período que antecede a criação dos cemitérios municipais no final do século XVIII e XIX. É provável que estes corpos integrem a derradeira fase cronológica de utilização e que os níveis estratigráficos mais profundos, não escavados, ainda mantenham a orientação ritual cristã.