A Capela de São Tomás de Aquino representa um dos raros testemunhos de arquitetura religiosa manuelina no concelho de Almada. Erguida no início do século XVI pela família Noronha — ramo dos Condes dos Arcos —, esta pequena ermida rural integrava, em 1731, a Quinta da Torre, então propriedade do 5.º Conde dos Arcos. Na sequência do terramoto de 1755, o templo foi abandonado, acabando por ficar progressivamente soterrado. Um ensaio de reabilitação ocorreu apenas entre 1982 e 1983, fruto de uma ação conjunta entre a Autarquia, a Direção-Geral de Monumentos Nacionais e o Centro de Arqueologia de Almada.

Na altura, foram realizadas obras exteriores urgentes para travar a ruína, mas a ausência de intervenções estruturais posteriores ditou a permanência e a evolução do seu estado de colapso. Para garantir a sua salvaguarda, alguns dos elementos decorativos originais, como os fechos de cobertura e os azulejos do altar-mor, foram recolhidos e encontram-se hoje conservados nas reservas do Museu de Almada e nas instalações do Centro de Arqueologia de Almada.

Arquitetonicamente, apresenta uma planta longitudinal de pequenas dimensões, composta por um retângulo e um quadrado justapostos. A cobertura atual é feita em chapa de alumínio sobre a nave e em cúpula sobre a capela-mor. Na fachada principal, virada a sul, destaca-se o portal manuelino de verga policêntrica, rematado por um arco de carena central com uma peanha, além de capitéis com decoração vegetalista e um óculo redondo no mesmo eixo. As fachadas laterais dispõem de dois contrafortes e duas frestas.

No interior, a nave de dois tramos exibe uma abóbada artesoada com a secção central destruída, enquanto o teto da capela-mor mantém a estrutura em caixotões revestida a material cerâmico, descarregando em mísulas e integrando um painel de azulejos enxaquetados. Originalmente inserida no pomar da quinta, a ermida encontra-se hoje num estado de severo abandono, cercada por densa vegetação de silvas e canaviais, embora ainda se identifiquem cantarias manuelinas integradas no muro circundante.

Apesar do avançado estado de degradação, o monumento reveste-se de enorme interesse histórico pela fiel preservação da sua traça quinhentista original.