A Capela de São Tomás de Aquino é um raro exemplo rural de arquitetura religiosa manuelina, um dos poucos presentes no concelho de Almada. Foi mandada edificar no pomar da antiga Quinta da Torre, uma das mais importantes do antigo reguengo da Caparica, pela produção agrícola e proximidade à localidade de Fontes Santas, pelos Noronha, da família dos condes dos Arcos, nas primeiras décadas do século XVI. Serviu como oratório particular até ao terramoto de 1755, cataclismo que a deixou bastante danificada, mas os proprietários não a reconstruíram, pelo que a degradação se foi acentuando nos séculos seguintes, acabando por ficar soterrada. Somente em 1982/1983 é que foi desenterrada, tendo-se realizado algumas obras de conservação para impedir a sua ruína definitiva.

Esta pequena capela, de planta retangular, é constituída pelos espaços justapostos da nave e da capela-mor, cuja entrada rasgada na fachada se fazia a sul, por portal de gosto manuelino, ladeado por quatro colunelos, com fecho de recorte querenado com capitel de decoração vegetalista, encimado por um óculo, que, conjuntamente com a porta e uma fresta existente da parede poente, iluminava o seu interior. A nave de dois tramos estava coberta por duas abóbodas de nervuras, que terão ruido com o terramoto, as quais descarregavam o peso nas paredes através de mísulas, onde se notavam vestígios de estuque esgrafitado com elementos vegetalistas. As pedras de fecho das abóbodas, encontradas soterradas no local, estão decoradas com motivos vegetalistas, florões e uma efigie de guerreiro ou rei da Antiguidade. Um arco triunfal de volta perfeita, decorado com motivos vegetalistas, abre para a capela-mor. Este espaço, coberto por uma abóboda polinervada em calcário, cujo fecho era figurado, possuía, junto à parede fundeira, um altar cuja frente estava revestida a azulejos enxaquetados verdes e brancos, típicos da segunda metade do século XVI.

Hoje, no Largo da Torre, nas imediações da capela (em avançado estado de ruína e inacessível), embora separada pela construção da estrada militar que ligava à Trafaria, ainda subsistem vestígios da casa de habitação, de um poço manuelino, entre outros elementos da antiga Quinta da Torre.