Escola edificada em 1958, no âmbito do Plano dos Centenários, projeto do Estado Novo que promoveu a construção de edifícios escolares em todo o país entre 1941 e 1974. Procurava promover a instalação de escolas em diversas localidades, adaptadas às características arquitetónicas das respetivas regiões.

Os projetos iniciais, que datam de 1935, foram assinados pelos arquitetos Rogério de Azevedo (Norte e Centro) e Raúl Lino (Centro e Sul), sendo depois desenvolvidos pela Direção-Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais, com soluções para uma e duas salas em piso térreo e três e quatro salas em dois pisos, a partir da mesma planta, variando o aspeto exterior com a aplicação de cantarias, tijolo, gradeamentos e florões. Em Almada, as novas construções escolares são implementadas pela Direção dos Edifícios Nacionais de Lisboa a partir de 1944, para a qual o arquiteto Eduardo Moreira dos Santos desenvolve os tipos «Ribatejo» e «Estremadura». Em 1956, instituem-se novas variações tipológicas, considerando necessidades territoriais específicas: «tipo urbano», com salas de aula com 8 m x 6 m e 3,50 m de pé direito, vestíbulo dimensionado para poder acolher uma escada, em caso de necessidade de ampliação de mais um andar, recreio coberto com alpendre, bloco sanitário e uma pequena arrecadação; «tipo rural», integrando sala de aula similar à de tipologia urbana, um anexo com dois compartimentos sanitários (um reservado ao docente) e uma entrada com abrigo coberto.

A Escola Básica da Fonte Santa, originalmente de «tipo rural», é constituída por um edifício de piso único com quatro salas, entrada comum, pátio coberto e recreio. Em 2002, é ampliado com nova instalação contígua, usada como refeitório. Integra o Agrupamento de Escolas do Monte de Caparica. Possui quatro salas de aula e funciona para a valência do 1.º ciclo.