Entre 1982 e 1985, no âmbito das obras de remodelação do edifício da Misericórdia de Almada, o Centro de Arqueologia de Almada realizou intervenção de salvaguarda no interior e na área adjacente ao antigo hospital. Os trabalhos revelaram uma ocupação anterior ao século XIV, caracterizada pela presença de estruturas negativas — como silos e cisternas — e de uma oficina metalúrgica, composta por uma estrutura de combustão (forno de fundição) e por contextos estratigráficos que forneceram uma elevada concentração de escórias, fragmentos de moldes, cerâmica comum e vidrada, e numismas cunhados entre os séculos XIII e XVI.

O espaço oficinal iria ser convertido, sendo esta transição marcada pela afetação de três silos após a instalação de uma necrópole das épocas Medieval e Moderna (século V a século XVIII), na qual foram sepultados membros da Irmandade da Misericórdia, tendo sido identificadas dezassete sepulturas — seis das quais conservavam as respetivas lápides —, cujos vestígios confirmam uma prática de reutilização consecutiva, mantendo-se este contexto funerário até ao século XVIII, sendo acompanhado por um espólio votivo e de uso quotidiano diversificado que incluía rosários, medalhas, crucifixos, anéis de vidro e metal, e uma espada.

A intervenção estendeu-se à Capela do Senhor dos Passos onde, apesar da ausência de sepulturas, se resgataram faianças, cerâmica comum e fragmentos de azulejos polícromos do século XVII, moedas dos reinados de D. Fernando I (1367–1383), D. Sebastião (1557–1578) e D. Maria I (1777–1816), além de quatro projéteis de artilharia (balas de canhão), um selo de chumbo e vários alfinetes de cabelo em cobre. Entre as peças mais recentes da Época Contemporânea, salientam-se um fragmento de bule negro com selo de Leeds e uma caneca com a data de 1843 esgrafitada.

Entre fevereiro e março de 2013, em resultado de uma intervenção de conservação, reabilitação e valorização do imóvel, assinalaram-se diversos horizontes construtivos e de utilização do espaço interior. Na zona da entrada, registou-se uma ocupação funerária tardia com dez sepulturas associadas a pavimentos, assim como o alicerce de uma estrutura, anterior ao Sismo de 1755, coincidente com os limites da fachada primitiva da Igreja.

No limite sudeste, documentou-se uma estrutura de rejeição (vala de despejo) escavada no substrato geológico e, no limite sudoeste, um compartimento interior; ambas as ocorrências são anteriores à implantação da capela. Na área do altar assinalaram-se várias fases de remodelação, bem como a continuidade de duas sepulturas que não haviam sido totalmente intervencionadas nas campanhas finalizadas em 1985.