A Igreja da Misericórdia de Almada é um edifício de linhas simples, que segue a disposição típica dos templos das Santas Casas. Foi edificada em 1566, no local onde se erguia a antiga capela do Hospital de Santa Maria. A misericórdia, fundada em 1555, era então, após integrar os bens deste hospital e da Albergaria de São Lázaro, a maior corporação de assistência social do concelho. Foi submetida a um restauro profundo em 2013.

O edificado apresenta uma nave única com cobertura de madeira, capela-mor com presbitério a um nível superior do corpo do templo, um retábulo preenche a parede fundeira, frontaria singela ornada com portal de perfil maneirista e janela retangular, decoração interior discreta e iluminação axial. Apresenta coro-alto sobre arco abatido, púlpito de cantaria no lado do Evangelho e tribuna dos mesários no lado oposto. Perduram na decoração dois brasões: no transepto, à esquerda, o dos Carvalho e Sousa do Prado; à direita, o dos Mendonça. Possui escudo de forma irregular, com cinco chagas abertas e gotejantes, símbolo das armas de uma das províncias franciscanas, o qual que estaria na Ermida do Espírito Santo.

O terramoto de 1755 destruiu bastante a estrutura, subsistindo a disposição espacial interior, a fachada com o portal maneirista e a parede da cabeceira; a reconstrução decorreu até 1758. A fachada corresponderá à original, mas deslocada. Do programa decorativo, perduram o silhar de azulejos de tapete seiscentistas, azuis e amarelos, e o retábulo: uma notável obra maneirista pintada em 1590 por Giraldo Fernandes de Prado (com colaboração do seu «criado» André Peres), encomenda dos cronistas Francisco de Andrade e Manuel de Sousa Coutinho. É um dos poucos retábulos de misericórdias em Portugal e o único exemplar de pintura maneirista ainda completo e conservado in situ no distrito de Setúbal. A composição, de invocação mariana, organiza-se em dois registos sobrepostos: no superior, ao centro, uma Visitação, ladeada à esquerda pela Adoração dos Magos e, à direita, pela Adoração dos Pastores; no inferior, ao centro, uma predela com a Fuga para o Egipto, flanqueada pela Anunciação, à esquerda, e pela Circuncisão de Jesus, à direita.

O historiador Vítor Serrão defende que a figura de São José, num rosto de traços bem caracterizados, tornando o modelo reconhecível aos contemporâneos, apresentado nesta obra com uma inusitada corda de condenado ao pescoço que nunca surge na iconografia das Visitações, poderia ser um retrato póstumo do escritor Fernão Mendes Pinto, amigo dos encomendadores do retábulo e do pintor, residente em Almada e membro desta misericórdia. Esta seria, portanto, a mais antiga e verosímil imagem do escritor.