De origens medievais, foi construída entre finais do século XII, início do XIII, não se conhecendo ao certo a data da sua fundação. A mais antiga referência consta de uma lista de igrejas de 1229, sendo portanto anterior. Na frontaria, ostenta ainda o escudo com a cruz da Ordem de Santiago de Espada, que guarneceu o Castelo de Almada até 1297.

A fachada neoclássica atual corresponde a uma recuperação empreendida durante a primeira metade do século XVIII, por encomenda do infante D. António, comendador de Almada, tendo sido reerguida, seguindo a mesma traça, no pós-terramoto. O projeto terá sido assinado pelo arquiteto Francisco Tinoco da Silva. Apenas a capela-mor, quinhentista, e, talvez, parte das paredes laterais sobreviveram ao cataclismo. Do edifício medieval nada mais resta. A reconstrução integrou a abóbada manuelina sobre o altar-mor, composta por pedras calcárias de várias tonalidades e algumas lápides sepulcrais. O edifício atual corresponde, em grande medida, à recuperação levada a cabo nesses anos, tendo sido ainda objeto de várias campanhas de obras ao longo dos séculos XIX e XX.

O interior, de uma só nave, encontra-se revestido a azulejos do século XVIII, atribuídos a Nicolau de Freitas, narrando episódios da vida de Santiago. Do lado do evangelho (esquerdo), representam a lenda da imaginada Batalha de Clavijo, de 844, em que o próprio apóstolo teria aparecido garantindo a vitória cristã sobre as forças muçulmanas e imprimindo assim um carácter guerreiro no seu culto ibérico. Do lado da epístola (direito), representa-se o episódio da conversão da rainha Lupa, governante pagã da Galiza que se teria convertido após ver como se tornaram mansos os touros selvagens que transportavam o corpo do santo.

Entre as figuras históricas aqui sepultadas, a tradição refere o nome do escritor Fernão Mendes Pinto, que morreu em Almada em 1583, embora não exista prova documental que ateste o enterramento, ao contrário da respetiva esposa, Maria Correia de Brito, que foi sepultada na desaparecida Igreja de Santa Maria, no Castelo de Almada, conforme atestam os respetivos registos paroquiais.

A procissão anual de São João Batista, padroeiro da cidade de Almada, sai desta igreja em direção à Capela da Ramalha no dia 23 de junho, regressando no dia seguinte.