A Igreja de São Pedro é um espaço relevante na memória coletiva da Trafaria, organizando a sua vida religiosa há quase dois séculos. É um edifício com certa imponência, que marca a zona central da vila. Daqui parte a procissão em honra de São Pedro, padroeiro dos pescadores, no primeiro domingo após o dia do santo, a 29 de junho, a qual percorre as ruas da povoação, parando junto da praia para benzer as embarcações.

O processo de edificação desta igreja foi particularmente longo, decorrendo entre 1856 e 1890, assinalando-se o episódio da queda da torre sineira, em 1858, de que resultaram algumas vítimas mortais. A obra foi sustentada por esmolas da comunidade, constituída maioritariamente por pescadores e catraeiros, organizados na Irmandade de São Pedro. As dificuldades de financiamento e a queda da torre explicarão esta demora. O edifício seria finalmente sacralizado a 30 de janeiro de 1890, estando na dependência da paróquia de Nossa Senhora do Monte de Caparica, até à autonomização da paróquia da Trafaria, em 1966. Nas vizinhanças, situava-se o cemitério, em uso de 1834 até 1887 e destruído nos anos de 1930, contra a vontade da população, para ali ser construído o mercado municipal.

No local onde hoje se ergue a igreja, erguera-se anteriormente uma capela, também de invocação a São Pedro, a qual poderá ter como antecedente a Ermida de São Jerónimo (embora exista a hipótese de estes dois templos não estarem relacionados), referenciada em meados do século XVIII como uma das três existentes na Trafaria, sendo as outras duas a de Nossa Senhora da Conceição e a de Nossa Senhora da Saúde. Esta última, a mais antiga, seria vedada à população em 1745, limitando-se ao culto no interior do lazareto até 1816, quando aquelas funções foram transferidas para a Torre Velha, e depois do presídio. A de Nossa Senhora da Conceição, pensada para a substituir, sofreu dois violentes incêndios, em 1811 e em 1834, que lhe retiraram definitivamente a função religiosa. Assim, na primeira metade de Oitocentos, a prática religiosa concentrou-se na Ermida de São Pedro, única então aberta aos fiéis e demasiado pequena para as necessidades, motivando a construção da atual igreja.

O edifício exibe corpo arquitetónico de fachada simples, em dois planos, com janelas e portas sobrepostas. Ao centro, um frontão triangular; na lateral, ergue-se a torre sineira. Possui no seu espólio imagens das antigas capelas de Nossa Senhora da Saúde e de Nossa Senhora da Conceição.