Persiste a incerteza quanto às datas de fundação e construção da primitiva Ermida de São Sebastião de Almada. Todavia, a sua génese deverá remontar ao século XVI, sendo historicamente colocada a hipótese da sua associação ao reinado de D. Sebastião (1557–1578), face ao considerável número de templos então erguidos sob a invocação do santo mártir homónimo do monarca (Vale, 2010). O registo documental mais recuado sobre a capela data de 1565, no âmbito de uma Visitação da Ordem de Santiago, sucedendo-se menções em fontes arquivísticas de 1587, 1595, 1669 e 1729.

Entre 1729 e 1738, o edifício foi alvo de uma profunda reedificação. Pouco tempo após a conclusão das obras, as Memórias Paroquiais reportam os graves danos estruturais decorrentes do terramoto de 1755, cenário de ruína que se prolongou até 1758. Na década de 1830, o templo encontrava-se já interdito ao culto, funcionando temporariamente como hospital provisório e acolhendo, desde então, diversas valências profanas.

No decurso da intervenção arqueológica realizada em 2002, foram identificadas duas sepulturas paralelas, dispostas de forma adjacente aos negativos de levantamento das paredes primitivas. Estratégica e lateralmente distribuídas numa posição oposta e periférica, estas estruturas desocupavam o corpo central da capela. Ambas assumiam um contorno próximo do retangular com cantos arredondados, conferindo-lhes uma morfologia tendencialmente ovoide. Os trabalhos permitiram ainda observar os moldes e negativos de assentamento das alvenarias da ermida original, evidenciando uma ligeira divergência na orientação planimétrica entre os dois edifícios religiosos que, embora ocupassem um espaço coincidente e partilhassem a mesma vocação, se distinguiam pelo hiato temporal. A entrada do imóvel atual encontra-se orientada sensivelmente a Nordeste, contrastando com a disposição anterior, cujo alinhamento convergia a Norte. Atendendo a que as sepulturas se encontravam perfeitamente alinhadas e em estrita obediência à organização arquitetónica cronologicamente mais recuada, torna-se plausível atribuir-lhes uma cronologia balizada entre os séculos XVI e XVII, anterior à remodelação setecentista do espaço.

Durante os trabalhos, foi igualmente identificada uma tijoleira com uma inscrição epigráfica que aparenta perpetuar o ano de 1538, numa alusão ao reinado de D. João III (1521–1557). A confirmar-se, este dado não só enfraquece a hipótese de o orago ter sido instituído em homenagem a D. Sebastião, como viabiliza o recuo cronológico da própria fundação da igreja original para a primeira metade do século XVI. No que respeita ao registo bioarqueológico, foram apenas recolhidos escassos restos osteológicos humanos em estado de completa desconexão anatómica. O processo de reabilitação, recuperação e salvaguarda do imóvel iniciou-se em 1999, culminando na inauguração do renovado espaço religioso no ano de 2009.