Fundada em 1555, a Misericórdia de Almada recebe, na década seguinte, os bens da Albergaria de São Lázaro e do Hospital de Santa Maria, tornando-se a maior corporação de assistência social da região. A sua igreja é construída entre em 1566, no local onde existiria a capela daquele hospital. Registam-se novas obras em finais da centúria e no século XVII. Adossada aos Paços do Concelho e ao Centro de S. Lázaro, a igreja, de linhas simples, segue, segundo Vítor Serrão, a disposição comum dos templos das Santas Casas: nave única com cobertura de madeira, capela-mor com presbitério a um nível superior do corpo do templo, retábulo preenchendo a parede fundeira, frontaria singela ornada com portal de perfil maneirista e janela retangular, decoração interior discreta e iluminação axial. Internamente revestida a azulejos policromos, a meia altura, do século XVII. Apresenta coro-alto sobre arco abatido, púlpito de cantaria no lado do Evangelho e tribuna dos mesários no oposto. Perduram dois brasões: no transepto, à esquerda, o dos Carvalho e Sousa do Prado; à direita, o dos Mendonça. Com o Terramoto de 1755, a estrutura fica bastante destruída. Subsistiram a disposição espacial interior, a fachada com o portal maneirista e uma parede da cabeceira com o retábulo; realizam-se obras de reconstrução até 1758. A fachada corresponderá à original, mas deslocada. Possui escudo de forma irregular, com cinco chagas abertas e gotejantes, símbolo das armas de uma das províncias franciscanas, que estaria na Ermida do Espírito Santo. Do programa decorativo, perduram o silhar de azulejos de ‘tapete’ seiscentistas, azuis e amarelos, e o retábulo: um notável retábulo maneirista pintado em 1590 por Giraldo Fernandes de Prado (com colaboração de seu ‘criado’ André Peres), encomenda dos cronistas Francisco de Andrade e Manuel de Sousa Coutinho. É um dos poucos retábulos de misericórdias em Portugal e o único exemplar de pintura maneirista, no distrito de Setúbal, ainda completo e conservado in situ. A composição, de invocação mariana, organiza-se em dois registos sobrepostos: no superior, ao centro, uma Visitação, ladeada, à esquerda, pela Adoração dos Magos e, à direita, pela Adoração dos Pastores; no inferior, ao centro, uma predela com a Fuga para o Egipto, flanqueada pela Anunciação, à esquerda, e pela Circuncisão de Jesus, à direita. Em 2013, realizou-se uma intervenção de restauro profunda.