Em meados do século XVI, terá pertencido a Lourenço de Sousa e Silva, aposentador-mor de D. João III e comendador da Ordem de Cristo, que ali mandou edificar uma capela. A cruz desta ordem religiosa-militar pode observar-se nos florões que rematam as arcarias do interior da capela de influência arquitetónica manuelina existente na quinta. Entre 1550 e 1558, acolheu, num espaço conventual separado da quinta, de que ainda existem vestígios, uma pequena comunidade de frades franciscanos arrábidos, que depois se instalaram para o novo Convento dos Capuchos. No século XVIII, foi denominada Quinta do Guedes, conservando-se o brasão desta família no edifício senhorial. A principal cultura da quinta seria a vinha. Apenas lhe é atribuída a designação atual no século XIX, quando, em meados do século, Teodoro Ferreira Pinto Basto, comendador da Ordem de Nossa Senhora da Conceição de Vila Viçosa, a compra à família Guedes.