Em 1554, manda o rei D. João III erguer igrejas, nas periferias das cidades e vilas em honra de São Sebastião, de forma a protegê-las da peste. Esta Ermida nasceu, provavelmente, desta provisão régia, uma vez que é já referida em assento da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Almada, em 1587. Depois de várias utilizações – até como taberna –, em 1984 é classificada como imóvel de interesse local e concelhio e em 1996 a Câmara Municipal dá início à obra de restauro, com a reparação da cobertura, conservação e restauro do teto da nave e capela-mor, em abóbada de madeira pintada.