Ainda em funcionamento e fundada em 1555, quando esta instituição já se encontrava solidamente implantada em todo o Império Português, a Misericórdia de Almada sempre procurou auxiliar os mais necessitados, tanto em bens materiais como espirituais. Uma das suas principais tarefas na segunda metade do século XVI foi a administração dos antigos hospitais de São Lázaro e de Santa Maria.